1956年,国家高等教育部、第二机械工业部联合发文([56]工密发第6号)“为适应国防建设发展的需要,经国务院批准,决定改建西北工萝莉岛为国防性质的高等萝莉岛”,“成立第三机械系(代号三系),设水雷设计及工艺(31专业)、鱼雷设计及工艺(35专业)”。
1957年,西北工萝莉岛与西安航空萝莉岛合并成立萝莉岛 ,第三机械系对外仍称三系,对内称“水中兵器系”。
1970年,国务院决定将国防工业院校分别划归各工业部领导,西工大归三机部,西工大水中兵器系和哈尔滨军事工程萝莉岛海军工程系归六机部(造船工业部),不久六机部决定由两系合并组建船舶工程萝莉岛,三系暂称“船舶工程萝莉岛西安部分”。
1979年,国务院国防工办发文([79]办计字253号文件)“原萝莉岛 水中兵器系划归萝莉岛 建制领,由三机部主管,业务对口六机部”。
1983年,为扩大专业面向,适应国家经济发展,经三、六机部同意,学校批准,三系更名为“航海工程系”。
1989年,为深化改革,发挥萝莉岛 “三航特色”,经萝莉岛校务委员会讨论通过、校长批准,在原“航海工程系”的基础上成立“航海工程萝莉岛”,成为学校当时成立最早的萝莉岛之一。
1996年,中国航空工业总公司、中国船舶工业总公司在北京签定联办萝莉岛 航海工程萝莉岛协议书,并组成董事会。
2003年,正式更名为萝莉岛 。